Les origines historiques de l’Ordre demeurent encore obscures, même si une tradition qui n’a pas de fondement documenté les situent à la première croisade. En fait les premiers documents évoquant une investiture de Chevaliers dénommés du Saint-Sépulcre sont datés de 1336. Depuis que l’existence de l’Ordre est ainsi attestée, c’est-à-dire depuis le XIVe siècle, les papes ont progressivement et régulièrement manifesté leur volonté de rattacher juridiquement son organisation au Saint-Siège.
L’Ordre Equestre du Saint Sépulcre de Jérusalem a en effet toujours bénéficié de la protection des souverains pontifes qui, au long des siècles, l’ont réorganisé, amplifiant et enrichissant ses privilèges. Clément VI confia aux religieux franciscains le soin de desservir le Saint-Sépulcre en 1342, mais c’était à l’époque encore les Chevaliers qui seuls pouvaient adouber d’autres membres de l’Ordre. Alexandre VI se déclara modérateur suprême de l’Ordre en 1496, et délégua aux franciscains le pouvoir de conférer la chevalerie aux nobles et aux gentilshommes en pèlerinage en Terre Sainte (pouvoir d’adoubement). La confirmation verbale ou par bulle de ce privilège franciscain fut renouvelée de Léon X, en 1516, à Benoît XIV en 1746, jusqu’au rétablissement du Patriarcat latin de Jérusalem par Pie IX en 1847.
La délégation pontificale fut alors transférée au Patriarche, puis en 1868 Pie IX fit largement connaître la refondation de l’Ordre par des lettres apostoliques. La chevalerie s’ouvrit avec la création des Dames du Saint-Sépulcre grâce à Léon XIII, en 1888. Pie X décida en 1907 que le titre de Grand Maître de l’Ordre serait porté par le Pape lui-même.
En 1932 Pie XI approuva les nouveaux statuts et permit aux Chevaliers et Dames d’être investis dans leurs lieux d’appartenance, donc plus seulement à Jérusalem. Pie XII nomma un cardinal comme Protecteur de l’Ordre, en 1940, puis centralisa l’organisation à Rome, dans le cadre du Grand Magistère, transférant le titre de Grand Maître au cardinal Canali. Jean XXIII approuva les nouveaux statuts présentés par le cardinal Tisserant en 1962.
Avec le renouveau conciliaire de nouveaux statuts ont été publiés par Paul VI en 1977, puis Jean-Paul II concéda à l’Ordre la personnalité juridique vaticane. Aujourd’hui l’Ordre souhaite favoriser davantage l’engagement de ses membres dans les Eglises locales en vue de leur sanctification, c’est la raison essentielle et profonde qui a motivé le réexamen des statuts lors de la « Consulta » de 2013.